Первый уровень – уровень Управляющего совета, директора и педагогического совета (уровень стратегического управления). 
Непосредственное управление Школой осуществляет директор.
Коллегиальные органы управления формируются согласно Уставу в МБОУ «Прокопьевская СОШ» и регламентируется положениями об этих органах.

К ним относятся:

• ПОЛОЖЕНИЕ о педагогическом совете школы
• ПОЛОЖЕНИЕ об управляющем совете школы
• ПОЛОЖЕНИЕ о родительском совете

Второй уровень – уровень малого педагогического совета, совещания при директоре, заместителей директора школа (уровень тактического управления). 
Малый педагогический совет является временно действующим органом для рассмотрения вопросов учебно-воспитательной деятельности в отдельной параллели или классе. Главной задачей его являются: объединение усилий преподавателей, работающих в данной параллели или классе, ступени для повышения уровня УВР. Привлечение родителей к обучению и воспитанию детей в данной параллели или классе.
Заместители директора осуществляют управление функционированием школы по направлениям:

• учебно-воспитательное – Абраменко Т. В.;
• безопасность образовательного процесса –Крицкая Л.В.;

Третий уровень – уровень методических объединений учителей-предметников, классных руководителей, психолого-педагогических семинаров (уровень оперативного управления).
Методические объединения (МО) – это структурные подразделения методической службы школы. Руководитель МО выбирается из состава членов объединения и утверждается директором лицея. МО ведет методическую работу по предмету, организует внеклассную деятельность учащихся, проводит анализ результатов образовательного процесса.

Структурные подразделения отсутствуют.  Руководители структурных подразделений отсутствуют.